Денежные суммы в счетах-фактурах следует указывать не только в у.е, но и в рублях, если договором предусмотрена оплата в сумме, эквивалентной определенной сумме в иностранной валюте (у.е). Это требование распространяется на счета-фактуры при выполнении работ, оказании услуг, отгрузке товаров, передаче имущественных прав по договору. Суммы в иностранной валюте могут быть включены в счет-фактуру без отсылки к рублевой сумме только в том случае если обязательство оплачивается в иностранной валюте.

При определении налоговой базы по НДС следует руководствоваться положениями пункта 1 статьи 154 НК РФ, а также Постановлением Президиума ВАС РФ от 17.02.2009 № 9181/08. Налоговая база по НДС определяется с учетом всей полученной оплаты. Для целей налогообложения такие операции не могут учитываться по сумме, определенной ранее того налогового периода, в котором произведена оплата. При отгрузке товара, если курс на дату отгрузки отличается от курса на дату платежа, налоговые вычеты следует производить только после внесения соответствующих исправлений в счет-фактуру.

Источник: Письмо ФНС РФ от 24.08.2009 № 3-1-07/674 «О применении НДС по договорам об оплате в условных единицах».